http://permalink.gmane.org/gmane.science.biology.informatics.jebif hourly 1 1901-01-01T00:00+00:00 http://gmane.org/img/gmane-25t.png http://gmane.org http://permalink.gmane.org/gmane.science.biology.informatics.jebif/35 <pre> Bonjour, L'association des Jeunes Bioinformaticiens de France (RSG France - JeBiF) organise une journée satellite sous la forme de tables-rondes et de présentations afin de discuter des métiers et carrières de la bioinformatique. Cette journée se déroulera à l'Institut Pasteur le lundi 27 juin 2011 à partir de 9h. Toutes les informations, incluant la liste des intervenants contribuant à cette journée, sont disponibles sur http://jebif.fr L'inscription est gratuite et indépendante de l'inscription à JOBIM. Elle se fait par courriel à cette adresse iscb.rsg.france-Re5JQEeQqe9fmgfxC/sS/w&lt; at &gt;public.gmane.org ======== Date limite d'inscription : lundi 13 juin ======== Nous organisons également une soirée JeBiF dans une pizzeria près de Pasteur à l'issue de cette journée. Si vous souhaitez y participer, merci d'envoyer un mel à iscb.rsg.france-Re5JQEeQqe8AvxtiuMwx3w&lt; at &gt;public.gmane.org avant le 19 juin (pour que nous puissions réserver le restaurant, dans la limite de 45 places). Programm</pre> RSG France 2011-06-10T09:15:40 http://permalink.gmane.org/gmane.science.biology.informatics.jebif/34 <pre>Bonjour Voilà un petit rappel car j'ai failli laisser passer la date et je ne suis peut être pas la seule. Pour les qualifs 2011, il faut s'inscrire avant le jeudi 28 octobre 2010, 16 h (heure de Paris) (il reste moins d'une semaine) Les dossiers sont à envoyer au plus tard le vendredi 17 décembre 2010. Toutes les infos sur le site galaxie : https://www.galaxie.enseignementsup-recherche.gouv.fr/ensup/candidats.html Bonne inscription Anne-Laure _______________________________________________ Bioinfo-discuss&lt; at &gt;jebif.fr Subscription options: http://lists.jebif.fr/mailman/listinfo/bioinfo-discuss Web interface: http://lists.jebif.fr/bioinfo-discuss </pre> anne-laure abraham 2010-10-22T08:08:48 http://permalink.gmane.org/gmane.science.biology.informatics.jebif/34 <pre>Bonjour Voilà un petit rappel car j'ai failli laisser passer la date et je ne suis peut être pas la seule. Pour les qualifs 2011, il faut s'inscrire avant le jeudi 28 octobre 2010, 16 h (heure de Paris) (il reste moins d'une semaine) Les dossiers sont à envoyer au plus tard le vendredi 17 décembre 2010. Toutes les infos sur le site galaxie : https://www.galaxie.enseignementsup-recherche.gouv.fr/ensup/candidats.html Bonne inscription Anne-Laure _______________________________________________ Bioinfo-discuss&lt; at &gt;jebif.fr Subscription options: http://lists.jebif.fr/mailman/listinfo/bioinfo-discuss Web interface: http://lists.jebif.fr/bioinfo-discuss </pre> anne-laure abraham 2010-10-22T08:08:48 http://permalink.gmane.org/gmane.science.biology.informatics.jebif/33 <pre>Bonjour à tous, étant informaticien, un problème me semble interessant de manière algorithmique. Cependant, j'aimerai avoir l'avis de quelqu'un ayant des connaissances en biologie (plus particulière sur les réseaux biologiques (PPI networks, réseaux métaboliques,...) afin de pouvoir "valider" ce problème ;) Si quelqu'un peut me répondre par mail directement.. ;) Merci d'avance, -- Florian </pre> florian sikora 2010-02-23T19:39:18 http://permalink.gmane.org/gmane.science.biology.informatics.jebif/32 <pre>_______________________________________________ Membres mailing list Membres&lt; at &gt;jebif.fr http://lists.jebif.fr/mailman/listinfo/membres </pre> nicolas Descostes 2010-02-16T08:20:08 http://permalink.gmane.org/gmane.science.biology.informatics.jebif/31 <pre>Bonjour Eric, Merci pour ton message et tes idées. Je te réponds sur 2 points en particulier. Je passe les points techniques (moi aussi j'ai Thunderbird et pas de problème). D'une part je pense qu'il y a une certaine confusion (très légitime) entre l'association JeBiF et la mailing-liste bioinfo-discuss. Si c'est l'association JeBiF qui a mis en place cette liste de discussion, cette dernière n'en est pas moins un outil que nous souhaitons ouvert à toute la communauté bioinformatique en France et pas dédiée à la communication avec l'association ou entre les membres ou autre. La question de la visibilité de l'association, aussi importante soit elle, n'est donc pas liée à cette liste de discussion. Je te propose de continuer la discussion sur ces aspects en-dehors de la liste et te convie chaleureusement à nous rejoindre pour discuter et mettre en place certaines des ces idées pour l'association (Blog, RSS, Twitter, Facebook dont on a déjà parlé en interne ...). D'autre part,</pre> Magali Michaut 2010-02-10T13:21:32 http://permalink.gmane.org/gmane.science.biology.informatics.jebif/30 <pre></pre> Vercherat Eric 2010-02-10T09:20:50 http://permalink.gmane.org/gmane.science.biology.informatics.jebif/29 <pre></pre> David Thybert 2010-02-03T19:51:38 http://permalink.gmane.org/gmane.science.biology.informatics.jebif/28 <pre>Bonjour à tous, Voici pour information les résultats d'une enquête sur le financement du postdoc, réalisée en octobre dernier par l'association La Toile des biologistes auprès des inscrits du site (http://biotoile2.ujf-grenoble.fr). Vous trouverez les résultats représentés graphiquement sur http://biotoile2.ujf-grenoble.fr/enquete.php Les questions étaient : 1) DANS QUEL PAYS AVEZ-VOUS FAIT VOTRE POSTDOC ? 2) COMMENT AVEZ-VOUS TROUVE VOTRE POSTDOC ? 3) COMMENT AVEZ-VOUS OBTENU VOTRE FINANCEMENT ? 4) QUEL TYPE DE FINANCEMENT AVEZ-VOUS OBTENU ? 5) COMBIEN DE FINANCEMENT AVEZ EU PENDANT VOS ANNEES DEPOSTDOCS ? 6) MONTANT MENSUEL NET DE VOS REVENUS DE POSTDOC 7) VOTRE AVIS SUR LES FINANCEMENTS ? EVOLUTIONS ? CONNAISSANCE DES BOURSES Bonne lecture ! Magali _______________________________________________ Bioinfo-discuss-+OPISJqF0+I&lt; at &gt;public.gmane.org Subscription options: http://lists.jebif.fr/mailman/listinfo/bioinfo-discuss Web interface: http://lists.jebif.fr/bioinfo-discuss </pre> Magali Michaut 2010-01-16T14:56:45 http://permalink.gmane.org/gmane.science.biology.informatics.jebif/27 <pre>_______________________________________________ Bioinfo-discuss-+OPISJqF0+I&lt; at &gt;public.gmane.org Subscription options: http://lists.jebif.fr/mailman/listinfo/bioinfo-discuss Web interface: http://lists.jebif.fr/bioinfo-discuss </pre> ISCB RSG-France 2010-01-14T03:56:23 http://permalink.gmane.org/gmane.science.biology.informatics.jebif/26 <pre>Bonjour Michaël, comme Ludovic, je te conseillerais la librairie ade4 qui est très complète et qui possède aussi une interface GUI appelée "ade4TkGUI" disponible ici : http://pbil.univ-lyon1.fr/ade4TkGUI/ Dans tout tu devrais trouver ton bonheur, Leonor. Ludovic Cottret a écrit : </pre> Leonor Palmeira 2009-12-22T09:03:09 http://permalink.gmane.org/gmane.science.biology.informatics.jebif/25 <pre>Le 21/12/09 19:23, Samuel Drulhe a écrit : Pourtant l'aide de R semble conseiller prcomp: (princomp) "The calculation is done using eigen on the correlation or covariance matrix, as determined by cor. This is done for compatibility with the S-PLUS result. A preferred method of calculation is to use svd on x, as is done in prcomp." Merci pour tous les commentaires. Il semble qu'il y ait une sorte de consensus autour du package ade4. Je vais aller voir ça de plus près. </pre> Michaël HEYMANN 2009-12-22T11:24:11 http://permalink.gmane.org/gmane.science.biology.informatics.jebif/24 <pre> Bonjour, Pour un (autre) outil sous R, la librairie FactoMineR (http://factominer.free.fr/index_fr.html) développée à Rennes permet de réaliser toute une panoplie d'analyses factorielles "à la française", et à priori pour de grands tableaux de données. Plusieurs fonctions d'affichage et de post-traitement des résultats permettent de faire des graphiques intéressants et des caractérisations statistiques de divers éléments (axes factoriels, clusters, individus représentatifs...). La librairie peut même être intégrée avec RCommander, lui conférant une petite interface graphique pour les plus pressés! Bon, avec tout ça, tu as l'embarras du choix! A la prochaine, </pre> Alexander 2009-12-22T08:18:32 http://permalink.gmane.org/gmane.science.biology.informatics.jebif/23 <pre>Bonjour Michaël, Sur R, il y a l'excellent ade4, développé à Lyon. Il y a plein d'exemples (en francais) dans les fiches TD mises à disposition ici : http://pbil.univ-lyon1.fr/R/enseignement.html La liste ade4 est aussi tres vivante et permet de poser des questions en francais. Ludo Cottret Michaël HEYMANN wrote: </pre> Ludovic Cottret 2009-12-22T08:13:01 http://permalink.gmane.org/gmane.science.biology.informatics.jebif/22 <pre>Hi, Matlab with Statistics toolbox or Bioinformatics toolbox should be a right choice for you. Best, Samuel D. PS: use the /princomp/ function. Michaël HEYMANN a écrit : _______________________________________________ Bioinfo-discuss-+OPISJqF0+I&lt; at &gt;public.gmane.org Subscription options: http://lists.jebif.fr/mailman/listinfo/bioinfo-discuss Web interface: http://lists.jebif.fr/bioinfo-discuss </pre> Samuel Drulhe 2009-12-21T18:23:13 http://permalink.gmane.org/gmane.science.biology.informatics.jebif/21 <pre>Bonjour à tous, Je travaille actuellement sur un projet dans lequel je souhaite faire des analyses en composantes principales. Pour le moment je me débrouille avec les fonctions de base de R comme prcomp par exemple. Pour les graphes, j'y vais à coups de screeplot et biplot. Est-ce que quelqu'un pourrait éventuellement me conseiller un module orienté ACP ou carrément un autre outil que R (libre si possible) qui permette d'aboutir facilement à des graphes un peu plus sexy que ceux de base voire qui permettrait une certaine interactivité ? Je pense notamment à une exploration 3D si l'on veut une représentation pour 3 composantes principales en même temps. Pour ma culture personnelle et une éventuelle utilisation future, je suis aussi preneur de librairies de programmation efficaces pour ce genre d'analyses (quel que soit le langage de programmation). Merci d'avance pour vos conseils. </pre> Michaël HEYMANN 2009-12-21T17:52:34 http://permalink.gmane.org/gmane.science.biology.informatics.jebif/20 <pre>Bonjour, J'ai un petit souci, si quelqu'un peut aider... Je viens d'arriver dans une équipe travaillant sur des données de séquencage haut débit (solexa, donc séquences courtes). Le bioinformaticien de l'équipe a trouvé plusieurs logiciels, dont Bowtie/Tophat et Cufflinks (http://cufflinks.cbcb.umd.edu/manual.html) pour faire l'assemblage des données, mais peine à trouver un outil / test statistique afin de comparer les données issues de divers types cellulaires. Le but serait d'identifier non pas les gènes, mais les transcrits (variants d'épissage) différentiellement exprimés entre les deux échantillons. Je ne suis pas moi-même bioinformaticien de formation, et je n'ai jamais travaillé sur ce type de données, j'aimerais filer un coup de main mais je sèche un peu. Quelqu'un aurait une idée, une piste, ou au moins le même problème? Merci d'avance! Nicolas Mattiuzzo nicolas.mattiuzzo-Re5JQEeQqe8AvxtiuMwx3w&lt; at &gt;public.gmane.org _______________________________________________ Bioinfo-discuss-+</pre> Nicolas Mattiuzzo 2009-12-21T17:06:29 http://permalink.gmane.org/gmane.science.biology.informatics.jebif/19 <pre>A useful link: http://recareered.blogspot.com/2008/05/4-killer-ways-to-use-research.html Even if it is a little bit more general than the Jedwed's thread discussions, it is probably good to know. Best, Samuel Drulhe, Institut Pasteur. jedwed inconnu a écrit : _______________________________________________ Bioinfo-discuss-+OPISJqF0+I&lt; at &gt;public.gmane.org Subscription options: http://lists.jebif.fr/mailman/listinfo/bioinfo-discuss Web interface: http://lists.jebif.fr/bioinfo-discuss </pre> Samuel Drulhe 2009-12-21T13:46:59 http://permalink.gmane.org/gmane.science.biology.informatics.jebif/18 <pre>_______________________________________________ Bioinfo-discuss-+OPISJqF0+I&lt; at &gt;public.gmane.org Subscription options: http://lists.jebif.fr/mailman/listinfo/bioinfo-discuss Web interface: http://lists.jebif.fr/bioinfo-discuss </pre> jedwed inconnu 2009-12-18T10:08:45 http://permalink.gmane.org/gmane.science.biology.informatics.jebif/17 <pre>_______________________________________________ Bioinfo-discuss-+OPISJqF0+I&lt; at &gt;public.gmane.org Subscription options: http://lists.jebif.fr/mailman/listinfo/bioinfo-discuss Web interface: http://lists.jebif.fr/bioinfo-discuss </pre> David Thybert 2009-12-17T16:35:03 http://permalink.gmane.org/gmane.science.biology.informatics.jebif/16 <pre>Bonjour Jedwed, Je ne suis pas dans la même situation donc je n'ai pas de réponse précise à ce sujet mais voilà quelques conseils qui pourront peut être vous aider : Un des points importants pour trouver un emploi est d'essayer de se contruire un réseau, dans le public ou le privé (ou éventuellement les 2), cela peut passer par les collègues de labo où on a fait des stages, les camarades de promo, des personnes rencontrées à des conférences etc. Cela peut permettre d'être au courant d'opportunités d'embauches par le bouche à oreille, de se faire recommander pour un poste, etc. Il ne s'agit pas de copinage ou de piston, mais juste de connaître des gens qui peuvent être au courant des postes. Concernant l'anglais, c'est souvent apprécié dans un CV, de même qu'une expérience à l'étranger. Il faut quand même se renseigner avant sur le sujet de CDD/stage pour être motivé, et essayer de créer des contacts pour progresser en anglais. En tout cas, il faut bien préparer son départ et</pre> anne-laure abraham 2009-12-17T15:32:53 Search the mailing list at Gmane query http://search.gmane.org/?group=$group=gmane.science.biology.informatics.jebif